乳腺癌是女性中最常见、也最严重的恶性肿瘤之一，其发病率一直在不断增加。乳腺癌的发病与遗传有关，以40-60岁之间、绝经期前后的妇女发病率较高。这种恶性肿瘤通常发生在乳腺上皮组织，会严重影响女性的身心健康乃至危及生命。
乳腺癌复发是困扰科学家们的一大难题。在乳腺癌发生早期，离开原发位的肿瘤细胞会在肺，骨，和脑等多个远端器官，播种生长成致命的转移病灶。目前临床上亟待有效的新生物标志物和治疗解决方案。
液体活检就是通过血液或者尿液等对癌症等疾病做出诊断。其优势在于能通过非侵入性取样降低活检的危害，而且有效延长患者生存期，性价比高。目前液体活检的主要检测物包括检测血液中游离的循环肿瘤细胞（CTCs），循环肿瘤DNA（ctDNA）碎片，循环RNA（Circulating RNA）和外泌体（携带有细胞来源相关的多种蛋白质，脂类，DNA，RNA等）。其中，ctDNA，RNA和外泌体是肿瘤细胞自身分泌或死亡时释放的物质。
云鲸基因开发的PlasmaAtlasTM技术是针对血浆游离DNA的全方位检测技术平台，主要联合检测染色体结构变异和甲基化，实现超高灵敏度的临床无创检测筛查和辅助诊断的需求。用于肿瘤的早期筛查，辅助诊断和临床预后的评价。从全基因组染色体结构变异角度分析更可以大范围的所搜属于肿瘤基因组特有的结构特征（表观甲基化组特征）。
1、高特异性：染色体拷贝数变异是肿瘤发生特异性事件。人类已知其它后天疾病不会引起染色体数量改变。
2、灵敏度高：临床研究表明，血液中检测染色体拷贝数变异对早期肝癌的检出率为85-100%。其他癌肿的发现率和特异度均超过传统生物标志物或影像学检测灵敏度。
3、肿瘤筛查范围广：可应用于多种癌症筛查，包括肝癌（肝硬化/HBV携带者高危人群筛查），乳腺癌/卵巢癌，肺癌，前列腺癌等。尤其适合用于判别身体各处结节的良恶性判别，如肺小结节，甲状腺结节的良恶性判别。
肿瘤复发是乳腺癌相关死亡率的主要原因，而找到生物标记物来判断/预测复发率将指导临床的合理用药。肿瘤源性细胞1q21.3染色体的扩增出现富集且与乳腺癌的复发相关。1q21.3扩增不依赖于雌激素受体，在原发肿瘤中的发生率大约为10-30%，而在复发肿瘤中发生率超过70%。用液态活检检测患者血液中循环肿瘤 DNA (cfDNA)的1q21.3扩增，敏感性和特异性分别达到93.3%，97.5%，表明液态活检技术可以用于乳腺癌高复发风险的鉴定。
本研究对10名乳腺癌患者进行血浆基因组测序。结果显示出癌症患者的血浆中可见染色体结构变异，驱动基因ERBB2等拷贝数扩增现象。利用拷贝数变异作为筛查指标。当ctDNA浓度>=0.75%时，拷贝数变异方法可以对乳腺癌检测敏感度达到>=90%，特异度达到>=99%。
通过血浆游离DNA测序，可见具有肿瘤起始细胞（TIC）特征的乳腺癌细胞亚群中会出现1q21.3染色体拷贝数扩增富集。无论是哪种乳腺癌亚型，这种扩增在原发性肿瘤中出现的几率为最多10-30％的，但在复发性肿瘤中出现的几率高达70％。扩增同时也可以用于跟踪肿瘤是否对化疗出现耐药性。
本研究对1名58岁女性（携带BRCA1突变）乳腺癌合并卵巢癌患者进行血浆游离DNA的基因组测序。 3cm浸润性导管癌位于左乳房，恶性卵巢腺癌见于双侧卵巢。测序结果发现相对健康对照的血浆。乳腺癌组织与宫颈癌组织存在异质性。术前和术后可见显著拷贝数变异。可见患者均乳腺癌相关1q和6p拷贝数变异（条框和箭头所指处）。
本研究对来自乳腺癌，肺癌，鼻咽癌等患者和32名健康人的血浆采取基因组测序和甲基化测序。乳腺癌患者血浆可见特异性拷贝数变异，和低甲基化区域；且两者结合作为筛查指标可以达到87%灵敏度和88%的特异度。
本研究对来自转移性乳腺癌组织，血浆分别采取基因组测序。结果内显示2名乳腺癌患者血浆可见特异性拷贝数变异；以及全体受测患者的拷贝数变异的相对丰度。
本研究对来自32名恶性卵巢癌患者和32名健康人的血浆采取基因组测序。在32名患者中，发现12名患者存在染色体结构变异，且后续有复发病例的报道。说明染色质拷贝数变异对卵巢癌的进展的预判能力。 图中为血浆内发现的5名卵巢癌患者（不同级别，从2C到3C分级）的拷贝数变异。
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